灌溉施肥技術(shù)的成本較高，而農(nóng)產(chǎn)品價(jià)格偏低，這是目前技術(shù)推廣的最大障礙。農(nóng)業(yè)生產(chǎn)本身也是一項(xiàng)經(jīng)濟(jì)活動(dòng)。一項(xiàng)技術(shù)再好，如果用戶不能產(chǎn)生經(jīng)濟(jì)效益也無法推廣開去。目前，我國(guó)絕大部分的農(nóng)用水是不收費(fèi)或很低收費(fèi)，因此，從節(jié)水角度鼓勵(lì)農(nóng)民使用節(jié)水灌溉收效不大，絕大部分是從節(jié)肥省工高效來考慮。但目前較高的成本使他們猶豫再三，不敢嘗試。
1、設(shè)備成本包括設(shè)備來源（國(guó)產(chǎn)或進(jìn)口）、系統(tǒng)壽命的長(zhǎng)短、自動(dòng)化程度的高低、材料的等級(jí)及規(guī)格等。以滴灌管為例，有些可以用15年以上，有些只能一年半載；同樣的材料有些管壁厚有些壁薄；對(duì)內(nèi)置滴灌管而言，滴頭間距越小，成本越高。很顯然，壽命長(zhǎng)、管壁厚、滴頭間距小的滴灌管價(jià)格就要高。
2、水源工程在水肥一體化系統(tǒng)的規(guī)劃設(shè)計(jì)中，只要是符合農(nóng)田灌溉水質(zhì)標(biāo)準(zhǔn)的水都可以作為灌溉水源，如河水、井水、水庫(kù)水、池塘水、湖水、降水等。很顯然，水源工程越復(fù)雜，花費(fèi)越多。一些地方需要打深井，一些要建引水渠，修蓄水池，拉電源等，所涉及的成本差異大。
3、作物種類包括種植作物的種類、行間距、年齡等。如單位面積茶園應(yīng)用滴灌技術(shù)的成本要高于蘋果，因?yàn)椴璧男芯噙h(yuǎn)小于蘋果，需要更多的滴灌管。蔬菜通常比果樹成本高。
4、地形及土壤條件如土壤質(zhì)地、地形坡度等。很顯然在復(fù)雜的地形條件下可能需要消耗更多的材料且增加安裝成本。與平坦地帶相比，當(dāng)高差很大時(shí)要用壓力補(bǔ)償式滴灌管，增加成本。土壤質(zhì)地與滴頭間距有關(guān)，砂土間距小，滴頭多，相應(yīng)成本增加。
5、地理位置交通不便的地方材料購(gòu)置與運(yùn)輸困難，通常會(huì)大幅度增加系統(tǒng)成本。
6、系統(tǒng)規(guī)劃設(shè)計(jì)一般來說，合理的設(shè)計(jì)可節(jié)省材料，系統(tǒng)的安裝和運(yùn)行成本相對(duì)較低；而不合理的設(shè)計(jì)通常導(dǎo)致材料的浪費(fèi)，系統(tǒng)運(yùn)行成本也會(huì)相應(yīng)增加。
7、系統(tǒng)所覆蓋的種植區(qū)域面積一般來說，無論種植區(qū)面積大小，都必須至少有一套灌溉施肥首部系統(tǒng)。面積越大，首部系統(tǒng)分?jǐn)偟絾挝幻娣e的成本就越少。
8、肥料在系統(tǒng)運(yùn)行過程中，肥料的選擇有多種，有普通肥或?qū)Ｓ梅?、進(jìn)口肥或國(guó)產(chǎn)肥之分。一般而言，用普通肥料自行配肥是便宜的。但配肥需要有專業(yè)知識(shí)。
9、施肥設(shè)備和施肥質(zhì)量要求在施肥設(shè)備中，既有簡(jiǎn)易的、低成本施肥裝置，也有復(fù)雜的、價(jià)格相對(duì)昂貴的施肥機(jī)等。在施肥方式上，有按比例施肥和按數(shù)量施肥兩種?？傮w而言，按比例施肥用的設(shè)備要比按數(shù)量施肥用的設(shè)備昂貴。
10、設(shè)備公司的利潤(rùn)；銷售公司的利潤(rùn)包括灌溉材料、施肥設(shè)備、肥料等的利潤(rùn)；安裝公司的利潤(rùn)等。